Отдел внешних связей РНЦЭМП под руководством заместителя Генерального директора РНЦЭМП Х.Э.Анварова осуществляет координацию сотрудничества с зарубежными учреждениями, а также работу областных филиалов РНЦЭМП.

В настоящий момент Центр осуществляет и поддерживает сотрудничество с такими международными организациями и медицинскими университетами, как Фонд EurAsiaHeart (Швейцария), KUIMS (KyungHeeUniv, Ю.Корея), Сеульский Национальный Университет SNU, BundangHospital, Фонд KOFIH, Korea, Фонд Savethechildren-Korea, Фонд AvicennaFund, Франция, Университетская клиника Хельсинки (Департамент нейрохирургии), Финляндия, НИИ НИИ СП им. И.И. Джанелидзе (С-Петербург), НИИ СП им. Н.В. Склифосовского (Москва), Краевая клиническая больница №1 (Краснодар), Центр медицины катастроф «Защита» (Москва), Госпиталь Меданта-Меди Сити (Гургаон, Индия), клиника ФортисЕскортсГруп (Нью-Дели, Индия) Клиника «ЮксекИхтисас» (Анкара), Клиника ИльсанПайк Университета Иньчже (Коян, Корея) и др. Кроме того, поддерживается сотрудничество и ряд долгосрочных проектов с такими международными организациями, как KOICA (Ю.Корея), KOFIH (Ю.Корея), JICA (Япония), TIKA (Турция), GIZ (Германия), MTI (США), MASHAV (Израиль), программа ITEC (Индия). Также в настоящий момент продолжается двустороннее  сотрудничество с Университетом Ганчон и его клиникой Киль (GilHospital) города Инчон (Корея), РНЦЭМП входит в Азиатско-Тихоокеанскую Сеть здравоохранения, а также является членом Международной Федерации больниц (IHF).

В среднем, РНЦЭМП ежегодно посещают более 90 человек в составе 50 иностранных делегаций, в том числе представители министерств здравоохранения и послы иностранных государств. Из числа сотрудников РНЦЭМП ежегодно осуществляется более 60 выездов за рубеж для средне-и долгосрочного обучения и участия в конференциях. Отдел внешних связей также координирует работу иностранных специалистов волонтеров в РНЦЭМП (KOICA и JICA).